Für eine artenreiche Flora und Fauna bieten die Naturräume Ägyptens nur eingeschränkte Bedingungen, so dass in den Wüstengebieten der Libyschen Wüste eher Kleintiere wie Sandvipern, Skorpione oder Echsen vorkommen. Auf dem Sinai und in den Bergen der östlichen Wüste ist der Artenreichtum etwas größer und im Niltal sowie im Nildelta und an den Küsten naturgemäß am größten.

Die allermeisten Menschen haben bei dem Wort Ägypten sofort die Assoziation zur Wüste und denken deshalb auch sofort an das Kamel. Dieses Tier war aber zur Zeit der Pharaonen in Ägypten nicht bekannt, denn als Lasttier diente der Esel. Erst mit den Assyrern in ptolemäischer Zeit wurden Kamele in Ägypten in größerer Zahl eingesetzt. Das Kamel in seiner ein- und zweihöckrigen Variante ermöglichte den Beduinen erst die Durchquerung der Wüste, um Handel zu treiben.

Zum natürlichen Artenvorkommen im östlichen Ägypten zählen u.a. Sandechsen, Dornschwänze, handtellergroße Walzenspinnen, Skarabäen,  Skorpionarten, Hornvipern und Kobras, Steinböcke sowie Kleinnager, Raubvögel, Wüstenspringmäuse, Wüstenfüchse und Gazellen. Kleinviehnomaden treiben ihre Schafe, Ziegen und Esel durch die Halbwüste von Wasserstelle zu Wasserstelle. Eine Gefahr für Mensch und Tier sind dabei die Kobras und Hornvipern, die versteckt im felsigen Untergrund auf ihre Opfer warten.

Die eben angesprochenen Tiere leben vorwiegend im nicht besiedelten Teil des Landes. Obwohl die fruchtbare Lebensader, das Niltal, und das Nildelta dicht besiedelt sind, folgen viele Tiere den Menschen dorthin bzw. lassen sich von ihren ureigenen Gewohnheiten nicht abbringen. So brüten Vögel wie Steintorrohsänger, Rauchschwalbe, Erznektarvogel oder Graubülbül  in den Akazienbäumen oder in Mauernischen und Felsvorsprüngen.

Die landwirtschaftlichen Flächen werden in Ägypten intensiv genutzt und angebaut werden vorwiegend Äpfel, Aprikosen, Auberginen, Bananen, Baumwolle, Erdbeeren, Feigen, Getreide, Kartoffeln, Orangen, Paprika, Tomaten und Salat. Insgesamt gibt es eine Million Dattelpalmen im Land, die auch einen wichtigen der Teil der Oasenwirtschaft ausmachen.

Unter Wasser hat sich der Artenreichtum im Nil seit dem Bau des Assuan-Staudammes erheblich reduziert, Nilbarsch, Afrikabuntbarsch und Katzenwels sind aber nach wie vor heimisch. An den Küsten des Roten Meeres gibt es vereinzelt Mangroven, die ein Biotop für verschiedene Fisch-, Vogel- und Kleintierarten mit Vorliebe für Sumpflandschaften bilden. Ein wichtiger Faktor für den Tauchtourismus sind mit Sicherheit die Korallenriffe im Roten Meer. Das warme und salzhaltige Wasser mit seinem niedrigen Wellengang und das Klima Ägyptens sorgen für optimale Bedingungen beim Korallenwachstum. Typische Korallenbewohner sind Papageienfische, Doktorfische, Zackenbarsche, Kugelfische, Clownfische, gestreifte Kaiserfische, Riffmuränen und Schwärme von Wimpelfischen. Am Rand der Riffe treiben sich Grauhaie, Weißspitzenriffhaie und Rochen herum.

Tauchtouristen sollten sich der Schönheit und Einzigartigkeit dieser Lebensräume bewusst sein und durch ihr Handeln zum Erhalt der Riffe Beitragen. Vom Anfassen und Mitnehmen sollte man Abstand nehmen, denn man zerstört nicht selten eine Behausung oder den wichtigen Teil eines Lebensraumes.