Mit dem Ende des Römischen Reiches gelangte Ägypten in den Einflussbereich Konstantinopels und das Land wurde gänzlich christlich. Erst die arabischen Eroberungen beendeten diesen Umstand. Allerdings führten schon vorher  Kompetenzstreitigkeiten zwischen den ägyptischen Christen und der Reichskirche in Byzanz zur Abspaltung der ägyptischen Christen von der Reichskirche und die koptische Kirche erlangte in Ägypten Eigenständigkeit. Ihr Oberhaupt war ein Patriarch, der in Alexandria residierte. Zahlreiche Klöster entstanden in dieser Zeit und es entwickelte sich ein ausgeprägtes Mönchstum, das vermutlich Vorbild für das Mönchstum in Europa war.

Mit der Ausbreitung des Christentums in Ägypten ging aber auch ein Rückzug der altägyptischen Kulte ein und Jahrhunderte altes Wissen geriet endgültig in Vergessenheit. Auch unter der byzantinischen Herrschaft diente Ägypten als Kornkammer, Alexandria war eine bedeutende Handels- und Hafenstadt im östlichen Mittelmeer und es gab auch wieder Aufstände wie schon zuvor während der Zeit des Römischen Reiches. Im Laufe der Zeit entwickelte sich eine antibyzantinische Stimmung in Ägypten.

Mit dem Siegeszug des Islams und den arabischen Eroberungen unter dem Kalifen Omar in Ägypten schwindet der Einfluss der Kopten in Ägypten. Sie bleiben jedoch über lange Zeit des islamisch-arabischen Mittelalters eine einflussreiche, religiöse Kraft im östlichen Mittelmeerraum.