Das kriegerische und auf Expansion ausgerichtete Osmanische Reich konnte 1453 Konstantinopel einnehmen, das unter dem Namen Istanbul nun Hauptstadt des Osmanischen Reiches wurde. Zu Beginn des 16. Jahrhunderts eroberten die Osmanen weite Teile des heutigen Syrien und Irak und drangen 1517 nach Ägypten vor. Die Ausübung der Osmanischen Herrschaft in Ägypten wurde Statthaltern übertragen, so dass die Herrschaft nicht direkt war.

Von Ägypten aus konnten die Osmanen fast den gesamten Norden Afrikas einnehmen und sie kontrollierten mit ihrer Flotte das östliche Mittelmeer. Um die Mitte des 16. Jahrhunderts erreichte das Osmanische Reich seine größte Ausdehnung und die wirtschaftliche und kulturelle Blüte. Den Niedergang des Osmanischen Reiches markierten die Niederlage in der Seeschlacht bei Lepanto 1571 und die erfolglose Belagerung Wiens 1683. Allerdings war dieser Prozess lang und zäh, was schon durch den mehr als einhundert Jahre großen Abstand dieser Ereignisse deutlich wird.

Die Ägypter erkämpften sich zwischenzeitlich immer wieder Phasen größerer Autonomie, in denen sie weniger stark dem Einfluss Istanbuls ausgesetzt waren und semiautonom herrschen konnten. In der Mitte des 18. Jahrhunderts wurde Ägypten sogar zur Bedrohung für Istanbul, da sich der Mameluckenführer Ali Bey militärisch bereits nach Syrien und Palästina vor gewagt hatte. Ali Bey kam jedoch durch eine forcierte, innerägyptische Revolte unter den Herrschenden des Landes ums Leben.

Am Ende des 18. Jahrhunderts führten die Konflikte in Europa, die insbesondere Frankreich in militärische Auseinandersetzungen verwickelten, dazu, dass Napoleon entschied, Ägypten zu erobern. Dadurch sollten der britische Einfluss im östlichen Mittelmeer und der Ostindienhandel der Briten geschwächt werden. Napoleon erreichte 1798 Ägypten und konnte einen militärischen Sieg gegen die Mamelucken erringen. Allerdings kehrte Napoleon im Folgejahr wieder nach Frankreich zurück, da die Eroberer durch den Verlust der französischen Expeditionsflotte lange Zeit vom Nachschub aus Frankreich abgeschnitten waren und weitere Expeditionen nach Syrien scheiterten. Auch die Generäle Napoleons, die von ihm die Macht übernahmen, konnten sich nur wenige Jahre gegen die Osmanen und die Briten behaupten und kehrten dann ebenfalls nach Frankreich zurück.

Militärisch war der Ausflug Napoleons nach Ägypten wenig erfolgreich, für die wissenschaftliche Forschung dagegen schon. Zahlreiche Forscher verschiedenster Disziplinen konnten umfangreiche geographische, historische, kulturelle und naturwissenschaftliche Aufzeichnungen nach Frankreich mitbringen. Damit wurde die Ägyptologie als anerkannte Wissenschaft begründet.