Eine Periode ungewöhnlicher, religiöser Reformen setzte in der 18 Dynastie, im 14. Jahrhundert v. Chr. unter dem König Amenophis IV. ein. Er erhob den Sonnengott Re zum alleinigen Gott des Universums, Die Abkehr von den anderen Göttern erfolgte nicht schlagartig und war auch nicht umfassend, im Zuge seiner religiösen Reformen wurden aber frühere Kulte abgeschafft. Amenophis IV: gründete eine neue Hauptstadt namens Achetaton („Horizont des Aton“) und benannte sich in Echnaton um. Er verstand sich als Sohn seines Gottes und proklamierte mit ihm kommunizieren zu können. Damit gilt er als erster Religionsstifter. Nach dem Tod von Amenophis IV: wurde einige seiner Reformen wieder zurückgenommen.

Neben den religiösen Reformen traten unter Amenophis IV. auch kulturelle Reformen in Kraft. Die Alltagssprache wurde als Schriftsprache zugelassen, Tempel wurden von ihrer Dunkelheit befreit und lichtdurchflutet, in der Kunst wichen die traditionellen Gestaltungsregeln neuen Gestaltungsregeln und die Anbetung der alten Götterbilder wurde beendet. Obwohl diese Reformen auf wenig Gegenliebe bei den Priestern und unter der Bevölkerung gestoßen sein dürften, hinterließ die Amtszeit von Amenophis IV. deutliche Spuren in der ägyptischen Gesellschaft. So behielt der Sonnengott Re seinen bedeutenden Status auch in der folgenden Ramsesidenzeit der 19. und 20. Dynastie und die Bedeutung der Sonne im Kosmos und der Götterwelt erlebte fortan immer wieder Schwankungen im Bewusstsein der Ägypter.