10% der ägyptischen Bevölkerung gehören dem christlichen Glauben an, was schätzungsweise 7 bis 9 Millionen Menschen ausmacht. Die meisten davon sind Kopten der Koptisch-Orthodoxen Kirche. Die Kopten unterhalten Klöster und Kirchen in beinahe allen größeren Städten Ägyptens und sie betreiben außerdem Schulen, Hochschulen, Krankenhäuser, Altersheime, Waisenhäuser, Kinderhorte, Frauenhilfsstationen, Blindenheime, Studentenwohnheime, Museen und Kulturzentren. Koptisch als Muttersprache sprechen und verstehen heute nur noch wenige Menschen, koptische Feste und Traditionen werden nach wie vor gepflegt und finden auch in der Öffentlichkeit statt.

Der Überlieferung nach kam das Christentum um 50 bis 60 nach Christus nach Ägypten und fand während der Zeit des Römischen Reiches zahlreiche Anhänger, so dass sich die neue Religion rasch ausbreitete. Ein Grund dafür war vielleicht, dass die Ägypter viele Parallelen zwischen dem Christentum und den altägyptischen Kulten erkannten. Am Ende des 3. Jahrhunderts hatten die meisten Ägypter koptischen Glauben, was die koptische Kirche zu einer der ältesten, religiösen Gemeinschaften werden ließ.Auch war der Einfluss der Kopten auf das übrige Christentum sehr groß. Zum Beispiel breitete sich das Mönchstum von Ägypten in der christlichen Welt aus und wurde dann sehr populär.

Im 7. Jahrhundert kehrten die islamisch-arabischen Eroberungen die Entwicklung des koptischen Christentums um. Unterschiedliche Besteuerung von Christen und Muslim, zahlreiche Christenverfolgungen und Plünderungen führten dazu, dass die Kopten mehr und mehr in die Minderheit gerieten.Eine besondere Inspiration und Motivation der frühen gläubigen Christen im spätantiken Ägypten war der feste Glaube an die biblische Überlieferung, dass die Heilige Familie, d.h. Josef, Maria und Jesus in Ägypten weilten. Nach der Geburt Christi seien sie aus Bethlehem nach Ägypten vor der Verfolgung durch Herodes geflohen, welcher der Überlieferung des Matthäus-Evangeliums zufolge die neugeborenen Kinder dort töten ließ (siehe Matthäus 2,13). Aufgrund der Aussagen der heiligen drei Magier fürchtete er die Geburt eines neuen Königs. Ob es sich historisch so zu zugetragen haben könnte, ist sehr fraglich, denn der Kindermassenmord ist nirgends sonst überliefert. Außerdem starb Herodes im Jahre 4 v. Chr., während die große Volkszählung unter dem römischen Präfekten Publius Sulpicius Quirinius, Statthalter des Kaisers Augustus in Syrien/Palästina, erst im Jahre 7 n. Chr. stattgefunden haben soll.

Dieser Sachverhalt legt auch die Problematik offen, dass unsere Zeitrechnung vermutlich nicht exakt mit der Geburt des historischen Jesus übereinstimmt. Inwiefern die so genannte Weihnachtsgeschichte um die Geburt des Messias tatsächlich ein reales Ereignis wiedergibt oder nur eine Synthese aus verschiedenen zeitgenössischen Geburtslegenden ist (z.B. Mithras, Horus), die sich mit ihren Erzählmotiven überlagern, sei der theologischen Diskussion überlassen. Festzuhalten ist die Tatsache, dass Millionen Christen daran glauben und dass der Glaube daran die weitere Gestaltung des Christentums beeinflusste. Der historisch unbelegte Kindermassenmord zu Bethlehem erinnert zudem an den massenhaften Kindermord Pharaos in der Mosesgeschichte (Exodus 1,22).

Für die koptischen Christen ist der Aufenthalt der Heiligen Familie in Ägypten ein wichtiger Bestandteil ihres Glaubens. Durch die temporäre Anwesenheit Christi wird Ägypten Teil des Heiligen Landes. Damit war Ägypten, in dem angeblich schon Josef Amtsträger des Pharao war und Moses als Prophet, Befreier und Heilsbringer wirkte, erneut Teil der biblischen Glaubenswelt geworden. Nach koptischer Tradition soll sich die Heilige Familie mehr als drei Jahre lang in Ägypten aufgehalten haben. Eine Reihe von Orten am Nil sind mit koptischen Überlieferungen verknüpft, die Anekdoten zum Leben und zu den Wundern Jesu erzählen.