Im Jahr 640 marschierten die arabisch-islamischen Truppen in Ägypten ein und gründeten an der Südspitze des Nildeltas zwischen den alten Metropolen Memphis und Heliopolis am östlichen Ufer des Nils ein Heerlager. Aus diesem Heerlager entwickelte sich die neue Hauptstadt Fustat. Zwei Jahre später im Jahr 642 fiel Alexandria als letzte große Stadt Ägyptens nach langer Belagerung in die Hände der arabisch-islamischen Eroberer. An vielen anderen Orten war der Widerstand gegen die Eroberer wesentlich geringer als in Alexandria, was vermutlich auf einen Konflikt zwischen der koptischen Kirche Ägyptens und der orthodoxen Kirche Konstantinopels zurückgeht. Die koptischen Christen erhofften sich von den Muslimen eine Befreiung von der byzantinischen Bevormundung. Zunächst erfüllten sich diese Hoffnungen auch, denn die Eroberer waren sehr tolerant gegenüber den koptischen Christen, zumal sich viele Gemeinsamkeiten in der religiösen Weltanschauung offenbarten. Am Anfang kontrollierten die Omayyaden aus Damaskus und später die Abbasiden aus Bagdad die Provinz Ägypten, die sich am Rande des islamischen Großreiches befand. Ägypten diente als guter Ausgangspunkt für die Eroberung des Magreb im nördlichen Afrika. Diese Eroberungen rückten Ägypten von seiner Randlage mehr und mehr in eine zentrumsnahe Lage, die Ägypten schließlich unter der Herrschaft der Fatimiden im Jahre 969 erlangte. Eine neue islamische Metropole entstand etwas nördlich des alten Heerlagers Fustat - Kairo. Kairo war nun Hauptstadt eines mächtigen, islamischen Kalifats, das zeitweise auch über die heiligen Stätten in Mekka und Medina herrschte. Wie schon früher bei anderen Eroberungen behielt die ursprüngliche, autochthone Bevölkerung ihren Glauben auch in Ägypten bei. Die Mehrheit der koptischen Christen in Ägypten schwand erst nach und nach, da der Übertritt zum Islam aus ökonomischen Gründen sehr attraktiv war, um der erhöhten Steuerlast für Nicht-Muslime zu entgehen.